Vätö kyrka är en kyrkobyggnad på Vätö i Uppsala stift.
Kyrkan, tillhörig Roslagsbro-Vätö församling, är belägen mellan Vätö hamn där båtar till fastlandet tidigare anlöpte, och Vätöbron som idag har ersatt färjetrafiken.
I närheten av kyrkan ligger ruinerna av ett gråbrödrakloster. Öster om kyrkan, på en backe, står en klockstapel som uppfördes senast 1632, men som kan vara mycket äldre än så. Ursprungligen hade klockstapeln en öppen konstruktion.
Vid kyrkan ligger församlingshemmet som tidigare var folkskola samt före detta sockenstuga.
Första gången Vätö kyrka omnämns är i en handling från 1337. Kyrkan med sakristia uppfördes sannolikt under 1300-talets första hälft. Utseendet är gotiskt inspirerat med rektangulär planform och höga spetsiga gavlar.
Under slutet av 1400-talet försågs kyrkorummets tak med tegelvalv och strax därefter dekorerades hela kyrkorummet med kalkmålningar. Upphovsmannen till målningarna är okänd men de verkar vara starkt influerade av Albertus Pictor.
Vapenhuset i söder uppfördes troligen under 1500-talet, ej senare än 1600-talet.
Under 1700-talet vitrappades kyrkan. Under 1700-talet och 1800-talet förstorades fönstren, alternativt togs nya fönster upp. Vid en restaurering 1904 togs kyrkorummets kalkmålningar fram och kompletterades med övermålningar. Målningarna hade varit täckta med puts sedan 1750.
Vid en restaurering 1952 – 1953 under ledning av arkitekten Erik Fant återställdes kalkmålningarna. Övermålningarna kunde dras bort. Samtidigt lades golvet om och vapenhuset återfick sitt sadeltak från att ha haft ett pulpettak.”